高效安全的手术室空气净化系统，保证手术室的无菌环境，可以满足各种开颅、肝胆手术、胃肠手术、四肢关节手术和人工关节置换等手术所需的高度无菌环境。采用高效低毒消毒剂，以及合理使用，是保障一般手术室无菌环境的有力措施。根据不断讨论与反复斟酌，修订后《综合医院建筑设计规范》中，关于一般手术室的条文最终确定为：“一般手术室应采用末端过滤器不低于高中效过滤器的空调系统或全新风通风系统。室内保持正压，换气次数不得低于6次/h”。其它未涉及参数，如温湿度等，可参照Ⅳ级洁净手术室。
 手术室分为很多手术间，按净化的不同级别分别为百级手术间、千级手术间、万级手术间，不同级别的手术间有着不同的用途：百级手术间用于关节置换、神经外科、心脏手术；千级手术间用于骨科、普外科、整形外科中的一类伤口手术；万级手术间用于胸外科、耳鼻喉科、泌尿外科手术和普外科中除一类伤口的手术；正负压切换的手术间可用于特殊感染手术的开展。净化空调在防止感染和保证手术成功方面不可替代的作用，是手术室中不可缺少的配套技术。高水平手术室要求高质量的净化空调，而高质量的净化空调才能保证手术室的高水平。
 手术室的空气压力根据其不同区域（如手术间、无菌准备间、刷手间、麻醉间和周围干净区域等）洁净度不同要求而不同。不同级别的层流手术室其空气洁净度标准不同，例如美国联邦标准1000级为每立方尺空气中≥0.5μm的尘粒数，≤1000颗或每升空气中≤35颗。10000级层流手术室的标准为每立方尺空气中≥0.5μm的尘粒数，≤10000颗或每升空气中≤350颗。依次类推。手术室通风的主要目的是排除各工作间内的废气；确保各工作间必要的新鲜空气量；去除尘埃和微生物；保持室内必要的正压。能满足手术室通风要求的机械通风方式有以下两种。机械送风与机械排风并用式：这种通风方式可控制换气次数、换气量及室内压力，通气效果较好。机械送风与自然排风并用，这种通风方式的换气及换气次数受一定限制，通风效果不如前者。手术室的洁净级别主要是以空气中的尘埃粒子数和生物粒子数来区分。目前，最常用的是美国宇航局分类标准。净化技术通过正压净化送风气流控制洁净度来达到无菌的目的。
根据送气方式不同，净化技术可分为紊流系统和层流系统两种。(1)紊流系统(Multi－Directional Manner)：紊流系统的送风口及高效过滤器设于顶棚，回风口设于两侧或一侧墙面下部，过滤器和空气处理比较简单，扩建方便，造价较低，但换气次数少，一般为10～50次/h，容易产生涡流，污染粒子可能在室内涡流区悬浮循环流动，形成污染气流，降低室内净化度。只适用于NASA标准中 10 000～1000 000级的净化室。(2)层流系统(Laminal Flow System)；层流系统利用分布均匀和流速适当的气流，将微粒、尘埃通过回风口带出手术室，不产生涡流，故没有浮动的尘埃，净化度随换气次数的增加而提高，适用于美国宇航局标准中100级的手术室。但过滤器密封破损率比较大，且造价较高。