手术室一般分为洁净手术室和普通手术室。层流洁净手术室是对进入手术室的空气通过初中高效过滤器以控制室内尘埃含量, 具有除去99.97% 直径0.5μm 以上粒子的能力。使恒温、恒压、恒湿、洁净的空气呈流线流入室内, 随气流方向经回风口排出室外, 可使室内空气具有一定的生物洁净度。
鉴于洁净手术室的诸多优点，近年来很多医院新建了洁净手术部，通过洁净技术提高空气质量，保证手术安全。然而，最近一篇文章提出了一个问题：层流天花对于外科手术部位感染的控制，究竟利弊如何？该文章查阅了近50年的有关层流病房与手术部位感染的医学文献，做了一个相关的综述。文章提出，目前层流系统主要用于清洁假体植入手术。一些研究已经证实，洁净技术确实可以减少空气细菌污染；然而，除了早期的医学报道，很少有说服力的临床研究能证明层流技术可降低相关SSI的发生率。此外，最近的统计数据表明，层流手术室可能会增加术后SSI的发生率。一项研究显示，在层流手术室和普通手术室分别进行人工髋关节和膝关节置换术，结果显示在层流手术室的SSI发生率高于普通手术室。文章分析导致这种情况出现的原因可能在于手术操作人员和管理者过度依赖层流技术，从而忽略了其他措施的落实，包括患者管理、术者操作、器械的摆放和运送、室内环境等，往往是不被注意的因素造成术后感染，而这些因素会因为层流这一概念而被医务人员忽略。
外科手术部位感染发生是多因素的，建设洁净手术病房并不是一劳永逸，反而洁净手术室系统的维护和设备的保养是一项长期而艰巨的任务，维护成本大，管理要求高。所以，建议新建或改扩建的手术室不要盲目建立洁净手术室，而选用符合自己医院的手术室。对于已经建成的洁净手术室，除了保证洁净系统的正常运行外，还应注重外科手术部位的其他感染防控措施的落实。 除少数手术需要层流环境外，尚无证据证明层流环境对大多数手术有益。
所以对于层流手术室的使用，还是需要考虑诸多因素，不能认为只要层流所有手术就可以“万事大吉”。