一、设计方面
为了达到灭菌的目的，设计上对人流、物流，气流组织形式（避免交叉感染）和温湿度控制等方面有一套严格的要求。洁净室是一个占地面积较大、能耗也较大的系统。故合理选用、配置才能达到预期目的。
1.医院洁净用房的选择
目前根据我国医院的具体情况及相关规范，参照国外经验，洁净用房的应用已扩展到医院的众多部门。如：洁净手术部、特殊病房（白血病层流病房、烧伤病房、哮喘病房等）、护理单元（重症护理单元ICU、CCU、NICU等）、中心供应室（无菌存放区）、配液中心、重要的实验室（特殊化验室、生命科学实验室如生殖中心等）、动物房等部门。
医院在新建、改建的设计阶段，鹏驰要根据医院的实际情况合理选择洁净用房。
由于洁净用房需配置相应的辅助用房，如男女更衣室、卫浴间、缓冲间、洁净用品通道、污物专用通道、洁净空调机房及冷热源系统等，需要占用建筑面积，故在设计阶段就要通盘考虑留有合理的空间和位置，避免出现后期又要按净化室布局，造成面积不够、净化流程不完善、不能充分保护核心区洁净度和压差的稳定、空调系统布置空间不足、系统不流畅造成能耗损失、噪声超标等问题。
2.新风的采用
新风百叶尺寸偏小，由于大气质量的变化，易造成过滤网的堵塞，往往造成新风量不足。建议新风口的尺寸要比新风风管大1-2个规格。
新风口上的过滤网及过滤器在结构上要能很方便地拆卸、清洗、更换，并要有较高的强度，耐清洗、不变形。
二、医院洁净室的正确使用
根据洁净室的特点，它有一套严格的管理程序，只有严格遵循才能保证洁净室达到预期的目的。
1.严格执行流程管理
洁净室建成使用时，要根据不同的使用特点，制定相应的管理制度，以保证洁净室的正常运行。要注意以下几点：
对人员进入进行控制，无关人员不得进入，需进入的人员要换鞋、更衣风淋室；第一道门关闭前不得打开第二道门（有互锁机构的可自动实现）；正常工作状态时门窗处于关闭状态，以保持洁净室内的压差，防止室外空气侵入洁净室内，造成污染；
室内产生的污物要及时清理打包，经污物通道运出；
各种人、物流通道要按规定运转，不得混用。
2.正确使用洁净室
医院洁净室的管理者及使用者要了解洁净室的特点，才能用好洁净室，并制定相适应的管理操作规程。
洁净手术部：自净时间、温湿度是否正常、医用气体报警检查、IT报警检查、压差是否正常等。
洁净ICU：温湿度、医用气体、用电系统、压差、室内空气品质等。
血液病层流病房：病房为百级层流、空调配双风机（一备一用）、两档风速（白、夜）、噪声、压差、卫生间、水系统（无菌水）等。
配液中心：是按照相应的药品生产环境配置的洁净区，要根据用药的品种合理配置超净工作台和生物安全柜，对有毒、抗生素类药物的相关操作应在负压洁净室的生物安全柜中进行，此类药物对配制者、周边环境有危害，要特别注意。对生物安全柜排风系统中的高效过滤器的更换要特别注意。
生殖中心、实验室等洁净用房，要随时观察室内情况，发现问题及时处理，以免发生事故。
3.日常的维护保养
洁净室的日常维护保养十分重要，地面、墙面、顶面、洗手池、台面、仪器表面等要定期擦洗、消毒灭菌。防止在工作中碰撞损伤维护结构。
消毒液要根据不同用途的洁净室按医院消毒规范配制使用，并定期更换品种。
三、医院洁净室系统的维护与保养
洁净室主要由以下几大系统组成：
（1）维护结构（用材不产尘积尘、耐擦洗）；
（2）净化送、回、排风系统；
（3）给排水系统；
（4）强电系统；
（5）弱电自控系统。只有每个系统都正常，才能保证洁净室的正常运行。其维护专业性强，要建立专业的组织维保队伍进行维护保养工作。
1.建立长期稳定的维保小组
有条件的医院可自己组建维护小组，在洁净室的施工过程中特别是在调试、检测过程中就参与其中，可较深入地了解系统原理、系统组成、调控方法等，以便很快进入角色。
现在有专业的维保企业专门从事洁净室的维保工作，没有条件的医院可以委托他们对洁净室进行维保，以确保洁净室正常运转。
应配备专用维修间，配备相应的维修设备、工具。过滤器的清洗间要配置清洗槽、压缩空气等（注意清洗工艺）。
2.制定完善的工作规程
医院洁净室是医院的重要部门（交叉污染的几率较大），要制定严格的日、周、月、季、年的维保规程，并做好记录备查。